隐藏关卡的线索往往与游戏中的时间元素和场景细节紧密相关。玩家需要重点关注时钟塔、闪回时期的图书馆以及飞机黑匣子等与时间有关的地点。时钟塔的伊鲁克人祭坛可以观察天象，预测日食和月食，这些天文现象往往是触发隐藏剧情的关键。图书馆中的古老钟表和历史报纸则提供了时间线索的碎片，需要玩家仔细收集并拼凑。黑匣子记录的飞行员对话和坠毁时间也是解开隐藏关卡的重要信息源。这些线索分散在游戏各处，需要玩家保持耐心和观察力。
游戏中的二周目内容会带来新的变化，例如工厂09房间的开启方式会改变，玩家可以在船上的虎皮鱼处找到新的红珠子。这些新增道具和场景调整往往指向隐藏关卡的入口。蓝色方块和神秘三角块的获取方式也与一周目不同，玩家需要重新探索并记录这些差异。金字塔顶的三角块放置是转入二周目内容的关键步骤，完成后会开启新的场景和隐藏成就。二周目的四个隐藏成就与剧情发展密切相关，完成它们可以揭示更多游戏真相。
探索过程中，玩家需要充分利用游戏内的画板功能记录重要图案和线索。初始房间的画板图案、二楼黑板的示意图以及工厂墙上的光电图案都需要准确记录。这些图案往往是后续解谜的关键，例如工厂右侧实验室的箱子密码就与初始房间二楼黑板的图案完全对应。笔记本最后一页被撕掉的密码页可以通过铅笔涂抹显现，这是启动时间机器的重要步骤。玩家应当养成随时记录和验证线索的习惯。
隐藏关卡的最终触发通常需要整合多个线索。例如神庙密室的开启需要结合漂流瓶中的图案、八音盒的音乐顺序以及时间机器的密码。玩家在穿越回古代后，手掌雕塑的图案和火箭悬崖下小男孩的对话都提供了关键信息。神庙内部的机关需要移动石块至颜色相同的位置，箭头方向的变化需要特别注意。这些复杂谜题的设计要求玩家对之前收集的所有线索进行系统性回顾和推理，才能成功进入隐藏关卡并揭开迷失岛的最终秘密。
