口袋妖怪火红通关后仍有丰富的任务和隐藏内容可供探索。通关一周目后，玩家需确保已收集60种以上宝可梦图鉴，大木博士会将图鉴升级为全国图鉴，并开启七岛剧情。从枯叶市乘船前往一岛，与网络中心NPC对话触发寻找红宝石任务，前往灯火山洞穴击败火箭队成员后获取红宝石，交还NPC可获得彩虹通行证，解锁七岛间自由航行权限。二周目核心任务是收集蓝宝石并探索各岛屿隐藏剧情，包括收服火焰鸟、闪电鸟等传说宝可梦。
完成红宝石任务后，玩家需前往四岛冰洞挑战冰系道馆馆主科拿，协助其击败火箭队残党。五岛火箭队仓库需输入密码进入，密码通过六岛标记森林的隐藏洞穴获取。在五岛空地击败火箭队小兵后，可进入仓库夺回蓝宝石。七岛训练师塔提供高强度对战挑战，适合提升队伍等级。各岛屿分布着需冲浪、潜水或碎岩技能才能到达的隐藏区域，如三神鸟栖息地和超梦洞穴。
灯火山顶层可收服火焰鸟，无人发电厂栖息着闪电鸟，双子岛深处有急冻鸟。冠军之路二层藏有天空龙，七岛海底通过潜水术可遇见红蓝水都。1号岛火焰山地下存在古拉顿，3号岛左侧森林能遇到雪拉比。幽灵塔顶楼隐藏吉拉奇，需特定条件触发。这些神兽等级较高，建议准备充足道具和针对性阵容。
一号岛灯火山温泉附近训练师等级达37级，使用战斗探测器可反复挑战。七岛训练师塔提供经验值奖励，通关后野生宝可梦等级提升。通过生蛋系统可培育高个体值宝可梦，技能教学者能传授特殊招式。游戏厅兑换代币可换取稀有技能机器，如破坏光线和暴风雪。
七岛横向废墟需穿越山谷洞穴进入，内部藏有古代文物。不归洞穴深处与女孩对话可获道具奖励，需展示特定宝可梦。珍宝海岸使用探测器能挖掘隐藏道具。6号岛变化洞穴随机出现珍稀宝可梦，每日刷新不同种类。完成全图鉴收集可触发特殊剧情，获得闪耀护符提升闪率。
获取蓝宝石后与宝石版游戏联动，解锁更多交换宝可梦。通过GBA无线适配器可进行对战和交易，组建完整队伍挑战对战塔。部分宝可梦需通信进化，如耿鬼、胡地和隆隆岩。游戏内事件宝可梦需特定活动解锁，如梦幻和代欧奇希斯。定期检查游戏内通知可获取限时任务。
