打怪升级是游戏的核心玩法之一。玩家可以通过在不同区域与野生宝可梦或训练家对战来提升队伍等级。游戏中的打怪地点主要分布在常规道路、洞穴、森林以及特殊区域如狩猎地带等。每个区域出现的宝可梦种类和等级各不相同，合理选择打怪地点对队伍培养至关重要。
游戏早期的打怪地点主要集中在1号路至25号路这些连接城镇的常规道路。1号路和22号路适合游戏初期练级，出现的宝可梦等级较低，如波波和小拉达。游戏进程推进，玩家可以前往月见山和岩山隧道等洞穴类区域，这里出现的宝可梦等级较高且种类更丰富，如超音蝠和地鼠。常磐森林是游戏前期重要的打怪地点，这里有较高几率遇到皮卡丘。
游戏中期的主要打怪区域包括枯叶市周边的11号路和9号路，以及紫苑镇周边的8号路和7号路。这些区域出现的宝可梦等级适中，适合队伍中期培养。狩猎地带是游戏中独特的打怪区域，需要使用特定的狩猎球进行捕捉，这里可以遇到一些稀有宝可梦。无人发电厂和双子岛等特殊区域会出现闪电鸟和急冻鸟等传说宝可梦，但需要玩家具备一定实力才能挑战。
游戏后期的打怪地点集中在冠军之路和七岛区域。冠军之路是通往精灵联盟的必经之地，这里的训练家实力强劲，野生宝可梦等级也很高。七岛区域包括一之岛至七之岛，每个岛屿都有独特的生态环境和宝可梦分布。灯火山是一之岛的重要打怪地点，可以遇到火焰鸟。边境的小岛是梦幻的出现地点，但需要特定条件才能到达。
合理规划打怪路线对游戏进程很有帮助。建议玩家根据当前队伍等级选择适当区域，避免挑战过高等级的宝可梦造成不必要的损失。携带足够数量的回复道具和精灵球也很重要。不同属性的宝可梦在不同时间段出现的几率会有所变化，玩家可以据此调整打怪策略。
