提升忍者熟练度是一个需要长期积累的过程，具体耗时取决于玩家的游戏频率和策略选择。熟练度系统分为六个等级：忍术新秀（白）、忍术进阶（绿）、忍术达人（蓝）、忍术之星（紫）、忍术大师（红）和忍术巅峰（金）。每个等级需要累积的分数分别为2000、5000、9000、14000、20000和28000分。若以段位赛为主要刷取途径（击败一个忍者加100分），单个忍者从零到满级需击败280个对手，而100个忍者全部满级则需约9333场穿三对局。
高效提升熟练度的核心在于选择正确的对战模式。段位赛是效率最高的途径，其单次击败得分是忍术对决或无差别玩法的四倍。但需注意，熟练度仅计算实际使用的忍者，且按击败对手的血量百分比折算分数。穿三可一次性为当前忍者增加300分，而中途退出或对手逃跑则按实际伤害结算。每月赛季结束后的空档期（月底最后一天21点至新赛季开启前）是刷熟练度的黄金时段，段位赛输赢不影响积分，但熟练度仍按段位赛标准计算。
对于时间有限的玩家，可优先完成与熟练度相关的称号任务以获取战力加成。熟练度达人（20个忍者达到1级）是基础目标，约需40000分；站在顶端者（100个忍者达到3级）需270000分；而终极称号忍界宗师（100个忍者满级）需280万分。建议优先用高爆发或版本强势忍者（如秽土水门、鹰佐助）在段位赛中集中刷分，冷门忍者可在低段位（如上忍1以下）针对性练习，避免因匹配机制影响效率。
长期规划中，每日保持一定场次的段位赛对局是关键。若每天完成10场段位赛并平均穿三，单个忍者满级需9天，100个忍者则需近3年。合理分配时间、利用赛季末空档期，并结合忍者强度调整刷取顺序，是平衡游戏体验与效率的最佳方式。
